| 17. Round | 22/01/2017 | AO Kerkyra | - | Panathinaikos | 1:1 | ||||
| 18. Round | 29/01/2017 | Panathinaikos | - | Levadiakos | 0:0 | ||||
| 19. Round | 04/02/2017 | PAS Giannina | - | Panathinaikos | 1:1 |  |
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| 23. Round | 04/03/2017 | Panathinaikos | - | Veria FC | 5:0 | ||||
| 29. Round | 23/04/2017 | Panathinaikos | - | Atromitos | 1:0 | ||||
| 30. Round | 30/04/2017 | Panathinaikos | - | AE Lárissa | 2:0 |
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