| 1. Round | 16/08/2008 | Bayer Leverkusen | - | Borussia Dortmund | 2:3 | ||||
| 2. Round | 23/08/2008 | VfB Stuttgart | - | Bayer Leverkusen | 0:2 |  |
|||
| 3. Round | 30/08/2008 | Bayer Leverkusen | - | 1899 Hoffenheim | 5:2 | ||||
| 5. Round | 19/09/2008 | Bayer Leverkusen | - | Hannover 96 | 4:0 | ||||
| 6. Round | 27/09/2008 | VfL Bochum | - | Bayer Leverkusen | 2:3 | ||||
| 7. Round | 04/10/2008 | Bayer Leverkusen | - | Hertha BSC | 0:1 | ||||
| 8. Round | 18/10/2008 | Eintracht Frankfurt | - | Bayer Leverkusen | 0:2 | ||||
| 9. Round | 24/10/2008 | Bayer Leverkusen | - | 1. FC Köln | 2:0 | |
|||
| 10. Round | 28/10/2008 | Werder Bremen | - | Bayer Leverkusen | 0:2 | ||||
| 11. Round | 31/10/2008 | Bayer Leverkusen | - | VfL Wolfsburg | 2:0 | ||||
| 12. Round | 08/11/2008 | Karlsruher SC | - | Bayer Leverkusen | 3:3 | ||||
| 13. Round | 15/11/2008 | Bayer Leverkusen | - | FC Schalke 04 | 2:1 | ||||
| 14. Round | 22/11/2008 | Arminia Bielefeld | - | Bayer Leverkusen | 2:1 | ||||
| 15. Round | 29/11/2008 | Bayer Leverkusen | - | Bayern München | 0:2 | ||||
| 16. Round | 06/12/2008 | Bor. Mönchengladbach | - | Bayer Leverkusen | 1:3 |
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