| 3. Round | 02/08/2016 | FC DAC 1904 | - | Spartak Myjava | annull. | ||||
| 4. Round | 06/08/2016 | Spartak Myjava | - | MFK Ružomberok | annull. | ||||
| 5. Round | 13/08/2016 | MŠK Žilina | - | Spartak Myjava | annull. | ||||
| 6. Round | 20/08/2016 | Spartak Myjava | - | Spartak Trnava | annull. | ||||
| 7. Round | 28/08/2016 | Spartak Myjava | - | 1. FC Tatran Prešov | annull. | ||||
| 8. Round | 10/09/2016 | Slovan Bratislava | - | Spartak Myjava | annull. | ||||
| 9. Round | 17/09/2016 | Spartak Myjava | - | AS Trenčín | annull. | ||||
| 10. Round | 24/09/2016 | MFK Zemplín Michalovce | - | Spartak Myjava | annull. | ||||
| 11. Round | 01/10/2016 | Spartak Myjava | - | FK Senica | annull. | ||||
| 12. Round | 15/10/2016 | Spartak Myjava | - | Zlaté Moravce | annull. | ||||
| 15. Round | 05/11/2016 | MFK Ružomberok | - | Spartak Myjava | annull. | ||||
| 16. Round | 20/11/2016 | Spartak Myjava | - | MŠK Žilina | annull. | ||||
| 17. Round | 27/11/2016 | Spartak Trnava | - | Spartak Myjava | annull. |
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