| 3. Round | 10/08/2009 | SK Kladno | - | FK Mladá Boleslav | 1:3 | ||||
| 5. Round | 23/08/2009 | AC Sparta Praha | - | FK Mladá Boleslav | 1:0 | ||||
| 7. Round | 14/09/2009 | FK Mladá Boleslav | - | Sigma Olomouc | 2:2 | ||||
| 11. Round | 18/10/2009 | FK Mladá Boleslav | - | Bohemians Praha | 4:2 |  |
|||
| 12. Round | 24/10/2009 | FK Teplice | - | FK Mladá Boleslav | 2:2 | ||||
| 15. Round | 22/11/2009 | FK Mladá Boleslav | - | Baník Ostrava | 3:1 | ||||
| 16. Round | 28/11/2009 | Slovan Liberec | - | FK Mladá Boleslav | 3:0 | ||||
| 17. Round | 28/02/2010 | FK Mladá Boleslav | - | SK Kladno | 0:1 | ||||
| 19. Round | 14/03/2010 | FK Mladá Boleslav | - | AC Sparta Praha | 1:2 | ||||
| 20. Round | 21/03/2010 | Bohemians 1905 | - | FK Mladá Boleslav | 2:0 | ||||
| 21. Round | 24/03/2010 | Sigma Olomouc | - | FK Mladá Boleslav | 1:2 | ||||
| 22. Round | 27/03/2010 | FK Mladá Boleslav | - | Viktoria Plzeň | 4:0 | |
|||
| 23. Round | 03/04/2010 | 1. FC Brno | - | FK Mladá Boleslav | 2:3 | ||||
| 18. Round | 14/04/2010 | 1. FK Příbram | - | FK Mladá Boleslav | 2:2 | ||||
| 28. Round | 05/05/2010 | FK Mladá Boleslav | - | Dynamo České Budějovice | 0:1 | ||||
| 30. Round | 15/05/2010 | FK Mladá Boleslav | - | Slavia Praha | 0:1 |
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