| 1. Round | 21/07/2012 | Bayern München II | - | FC Augsburg II | 1:1 | ||||
| 6. Round | 11/08/2012 | FC Memmingen | - | Bayern München II | 0:0 | ||||
| 11. Round | 08/09/2012 | Bayern München II | - | VfL Frohnlach | 0:1 |  |
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| 12. Round | 14/09/2012 | Eintracht Bamberg | - | Bayern München II | 0:0 | ||||
| 16. Round | 07/10/2012 | Viktoria Aschaffenburg | - | Bayern München II | 0:5 | ||||
| 18. Round | 20/10/2012 | Bayern München II | - | SV Seligenporten | 1:1 | ||||
| 19. Round | 27/10/2012 | Würzburger Kickers | - | Bayern München II | 2:1 | ||||
| 23. Round | 06/11/2012 | Bayern München II | - | TSV 1860 München II | 0:1 | ||||
| 22. Round | 18/11/2012 | Bayern München II | - | SV Heimstetten | 2:2 |  |
Austria