| 13. Round | 12/12/1998 | Apollon Smyrnis | - | AO Kavala | 1:1 | ||||
| 14. Round | 19/12/1998 | Panathinaikos | - | Apollon Smyrnis | 5:0 |  |
|||
| 27. Round | 24/04/1999 | PAOK Saloniki | - | Apollon Smyrnis | 3:1 | ||||
| 32. Round | 19/05/1999 | Ethnikos Piraeus | - | Apollon Smyrnis | 2:3 | ||||
| 33. Round | 22/05/1999 | Apollon Smyrnis | - | Iraklis Saloniki | 1:3 | ||||
| 34. Round | 29/05/1999 | Skoda Xanthi | - | Apollon Smyrnis | 1:0 |
Greece