| 4. Round | 25/09/2011 | Asteras Tripolis | - | Atromitos | 0:0 | ||||
| 15. Round | 04/01/2012 | Olympiakos Piraeus | - | Atromitos | 1:0 | ||||
| 16. Round | 08/01/2012 | Atromitos | - | OFI Heraklion | 2:0 |  |
|||
| 17. Round | 15/01/2012 | Atromitos | - | Aris Saloniki | 0:0 | ||||
| 19. Round | 29/01/2012 | Atromitos | - | Asteras Tripolis | 0:1 | ||||
| 20. Round | 05/02/2012 | Panetolikos | - | Atromitos | 1:1 | ||||
| 22. Round | 19/02/2012 | PAS Giannina | - | Atromitos | 1:2 | ||||
| 23. Round | 03/03/2012 | Panionios GSS | - | Atromitos | 1:2 | ||||
| 24. Round | 10/03/2012 | Atromitos | - | Doxa Dramas FC | 2:0 | ||||
| 25. Round | 18/03/2012 | Levadiakos | - | Atromitos | 2:2 | ||||
| 27. Round | 01/04/2012 | Ergotelis | - | Atromitos | 2:2 | ||||
| 28. Round | 08/04/2012 | Atromitos | - | PAOK Saloniki | 0:0 | ||||
| 29. Round | 18/04/2012 | AEK Athen | - | Atromitos | 0:0 | ||||
| 30. Round | 22/04/2012 | Atromitos | - | Olympiakos Piraeus | 0:2 | |
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