| 1. Round | 16/08/1998 | Hertha BSC | - | Werder Bremen | 1:0 | ||||
| 3. Round | 08/09/1998 | VfL Bochum | - | Werder Bremen | 2:0 | ||||
| 4. Round | 12/09/1998 | Werder Bremen | - | Bayer Leverkusen | 2:2 | ||||
| 5. Round | 19/09/1998 | VfL Wolfsburg | - | Werder Bremen | 2:4 | ||||
| 9. Round | 23/10/1998 | Hamburger SV | - | Werder Bremen | 1:1 | ||||
| 11. Round | 06/11/1998 | Werder Bremen | - | Borussia Dortmund | 1:1 |  |
|||
| 13. Round | 13/11/1998 | Werder Bremen | - | 1. FC Kaiserslautern | 0:1 | ||||
| 14. Round | 20/11/1998 | Eintracht Frankfurt | - | Werder Bremen | 0:2 | ||||
| 12. Round | 24/11/1998 | FC Schalke 04 | - | Werder Bremen | 1:2 | ||||
| 15. Round | 28/11/1998 | Werder Bremen | - | TSV 1860 München | 4:1 | ||||
| 19. Round | 20/02/1999 | 1. FC Nürnberg | - | Werder Bremen | 1:1 | ||||
| 20. Round | 26/02/1999 | Werder Bremen | - | VfL Bochum | 1:1 | ||||
| 21. Round | 07/03/1999 | Bayer Leverkusen | - | Werder Bremen | 2:0 | ||||
| 22. Round | 13/03/1999 | Werder Bremen | - | VfL Wolfsburg | 0:1 | ||||
| 23. Round | 20/03/1999 | Bayern München | - | Werder Bremen | 1:0 | |
|||
| 25. Round | 09/04/1999 | SC Freiburg | - | Werder Bremen | 0:2 |
Ukraine
