| 1. Round | 14/03/2011 | Volga Nizhniy Novgorod | - | FK Tom Tomsk | 2:0 | ||||
| 3. Round | 04/04/2011 | Terek Grozny | - | FK Tom Tomsk | 2:0 | ||||
| 4. Round | 11/04/2011 | FK Tom Tomsk | - | Anzhi Makhachkala | 0:0 | ||||
| 6. Round | 24/04/2011 | FK Tom Tomsk | - | CSKA Moskva | 1:1 | ||||
| 7. Round | 01/05/2011 | FK Amkar Perm | - | FK Tom Tomsk | 1:2 | ||||
| 8. Round | 07/05/2011 | FK Tom Tomsk | - | Krylia Sovetov | 1:1 | ||||
| 9. Round | 14/05/2011 | FK Krasnodar | - | FK Tom Tomsk | 2:2 | ||||
| 10. Round | 21/05/2011 | FK Tom Tomsk | - | Zenit St. Petersburg | 2:1 | ||||
| 15. Round | 22/06/2011 | FK Tom Tomsk | - | FK Rostov | 1:1 | ||||
| 21. Round | 20/08/2011 | CSKA Moskva | - | FK Tom Tomsk | 3:0 | ||||
| 25. Round | 24/09/2011 | Zenit St. Petersburg | - | FK Tom Tomsk | 4:0 |  |
|||
| 26. Round | 02/10/2011 | FK Tom Tomsk | - | Rubin Kazan | 0:2 | |
|||
| 28. Round | 23/10/2011 | Spartak Moskva | - | FK Tom Tomsk | 4:0 | ||||
| 29. Round | 30/10/2011 | FK Tom Tomsk | - | Dinamo Moskva | 0:2 | ||||
| 30. Round | 05/11/2011 | FK Rostov | - | FK Tom Tomsk | 2:1 |  |
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