| 3. Round | 02/08/2015 | FK Rostov | - | FK Krasnodar | 0:0 | ||||
| 4. Round | 10/08/2015 | FK Krasnodar | - | Kuban Krasnodar (1928-2018) | 1:1 | ||||
| 5. Round | 15/08/2015 | Zenit St. Petersburg | - | FK Krasnodar | 0:2 |  |
|||
| 6. Round | 23/08/2015 | FK Krasnodar | - | Mordovia Saransk | 0:0 | ||||
| 7. Round | 30/08/2015 | Lokomotiv Moskva | - | FK Krasnodar | 2:1 | ||||
| 8. Round | 13/09/2015 | FK Krasnodar | - | Dinamo Moskva | 4:0 | ||||
| 9. Round | 21/09/2015 | FK Ural | - | FK Krasnodar | 3:1 | ||||
| 10. Round | 27/09/2015 | FK Krasnodar | - | Terek Grozny | 1:1 | ||||
| 11. Round | 04/10/2015 | FK Ufa | - | FK Krasnodar | 1:1 | ||||
| 14. Round | 01/11/2015 | Krylia Sovetov | - | FK Krasnodar | 0:4 | ||||
| 15. Round | 08/11/2015 | FK Krasnodar | - | CSKA Moskva | 2:1 | ||||
| 22. Round | 04/04/2016 | Dinamo Moskva | - | FK Krasnodar | 1:4 | ||||
| 30. Round | 21/05/2016 | FK Krasnodar | - | FK Amkar Perm | 1:0 | |
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