| 1. Round | 15/03/2008 | FK Khimki | - | FK Amkar Perm | 0:3 | ||||
| 2. Round | 23/03/2008 | Dinamo Moskva | - | FK Khimki | 2:0 | ||||
| 3. Round | 29/03/2008 | FK Khimki | - | Spartak Moskva | 3:3 |  |
|||
| 4. Round | 04/04/2008 | FK Moskva | - | FK Khimki | 2:2 | ||||
| 6. Round | 18/04/2008 | Shinnik Yaroslavl | - | FK Khimki | 3:2 | ||||
| 8. Round | 03/05/2008 | FK Saturn | - | FK Khimki | 2:2 |  |
|||
| 10. Round | 11/05/2008 | CSKA Moskva | - | FK Khimki | 4:3 | ||||
| 11. Round | 16/05/2008 | FK Khimki | - | Lokomotiv Moskva | 2:2 | ||||
| 12. Round | 05/07/2008 | Luch-Energiya Vladivostok | - | FK Khimki | 1:1 | ||||
| 13. Round | 13/07/2008 | FK Khimki | - | Zenit St. Petersburg | 1:4 | ||||
| 14. Round | 19/07/2008 | FK Tom Tomsk | - | FK Khimki | 3:1 | ||||
| 15. Round | 25/07/2008 | FK Khimki | - | Spartak Nalchik | 2:0 | ||||
| 16. Round | 02/08/2008 | FK Khimki | - | Dinamo Moskva | 1:1 | ||||
| 17. Round | 09/08/2008 | Spartak Moskva | - | FK Khimki | 1:1 | ||||
| 18. Round | 17/08/2008 | FK Khimki | - | FK Moskva | 0:2 | ||||
| 21. Round | 14/09/2008 | Krylia Sovetov | - | FK Khimki | 3:0 | ||||
| 26. Round | 25/10/2008 | FK Khimki | - | Luch-Energiya Vladivostok | 3:1 | ||||
| 29. Round | 16/11/2008 | Spartak Nalchik | - | FK Khimki | 1:2 | ||||
| 30. Round | 22/11/2008 | FK Amkar Perm | - | FK Khimki | 3:1 |
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