| Group B | 11/09/2016 | Universidad San Martín | - | Alianza Lima | 3:0 | ||||
| Group B | 18/09/2016 | Alianza Atlético | - | Universidad San Martín | 2:3 | ||||
| Group B | 23/09/2016 | Universidad San Martín | - | Comerciantes Unidos | 1:1 | ||||
| Group B | 18/10/2016 | Universidad San Martín | - | Universidad Técnica | 6:0 | ||||
| Group B | 22/10/2016 | Ayacucho FC | - | Universidad San Martín | 2:2 |  |
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| Group B | 27/10/2016 | Universidad San Martín | - | Universitario de Deportes | 4:4 |  |
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| Group B | 30/10/2016 | Alianza Lima | - | Universidad San Martín | 1:2 | ||||
| Group B | 02/11/2016 | Universidad San Martín | - | Alianza Atlético | 3:1 | ||||
| Group B | 21/11/2016 | Comerciantes Unidos | - | Universidad San Martín | 5:1 | ||||
| Group B | 24/11/2016 | Universidad San Martín | - | Sport Huancayo | 1:0 |
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