| 8. Round | 26/05/2024 | FK Khimki 2 | - | Kompozit Pavlovsky Posad | 1:2 | ||||
| 9. Round | 01/06/2024 | Spartak Tambov | - | FK Khimki 2 | 2:3 | ||||
| 10. Round | 07/06/2024 | FK Khimki 2 | - | Zenit Penza | 2:0 | ||||
| 11. Round | 13/06/2024 | Arsenal Tula 2 | - | FK Khimki 2 | 2:0 | ||||
| 12. Round | 19/06/2024 | FK Sakhalin | - | FK Khimki 2 | 2:0 | ||||
| 14. Round | 01/07/2024 | FK Khimki 2 | - | Kosmos Dolgoprudny | 1:2 | ||||
| 15. Round | 07/07/2024 | FK Ryazan | - | FK Khimki 2 | 3:1 | ||||
| 20. Round | 24/08/2024 | FK Khimki 2 | - | Dinamo Vladivostok | 0:2 | ||||
| 22. Round | 09/09/2024 | Kompozit Pavlovsky Posad | - | FK Khimki 2 | 2:0 | ||||
| 24. Round | 22/09/2024 | Zenit Penza | - | FK Khimki 2 | 3:2 | ||||
| 30. Round | 03/11/2024 | Salyut Belgorod | - | FK Khimki 2 | 1:2 |  |
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