| Regionalliga Bayern | Matches | W | D | L |  |
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| home | 3 | 3 | - | - | 3 | - | - |
| away | 5 | 2 | - | 3 | 9 | - | 1 |
| overall | 8 | 5 | - | 3 | 12 | - | 1 |
| Bayernliga Süd | Matches | W | D | L | |
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| home | 1 | 1 | - | - | 1 | - | - |
| away | 1 | - | 1 | - | 1 | - | - |
| overall | 2 | 1 | 1 | - | 2 | - | - |
| Regionalliga Bayern | Home | - | Guest | |
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Results |
| 11/08/12 | FC Ingolstadt 04 II | - | Eintracht Bamberg | - | - | - | 4:1 |
| 05/04/14 | FC Ingolstadt 04 II | - | FC Memmingen | - | - | - | 4:1 |
| 21/05/14 | SpVgg Greuther Fürth II | - | FC Ingolstadt 04 II | 2 | - | - | 1:2 |
| 19/09/14 | FC Ingolstadt 04 II | - | Wacker Burghausen | 3 | - | - | 4:2 |
| 01/05/15 | TSV Buchbach | - | FC Ingolstadt 04 II | 2 | - | - | 2:1 |
| 14/07/17 | Bayern München II | - | FC Ingolstadt 04 II | - | - | 1 | 5:0 |
| 16/09/17 | SV Seligenporten | - | FC Ingolstadt 04 II | 2 | - | - | 1:4 |
| 10/04/18 | FC Unterföhring | - | FC Ingolstadt 04 II | 3 | - | - | 2:0 |
| Bayernliga Süd | Home | - | Guest | |
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Results |
| 18/08/21 | Jahn Regensburg II | - | FC Ingolstadt 04 II | 1 | - | - | 0:0 |
| 18/02/22 | FC Ingolstadt 04 II | - | VfR Garching | 1 | - | - | 3:1 |
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