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| Primavera B [Yth] | 23/01/2016 | Atalanta | - | Inter | 1:1 | ??? |
| Primavera B [Yth] | 07/02/2016 | Atalanta | - | AC Milan | 1:3 | ??? |
| Primavera B [Yth] | 27/02/2016 | Atalanta | - | Chievo Verona | 3:2 | ??? |
| Primavera B [Yth] | 11/03/2016 | Atalanta | - | AC Perugia Calcio | 3:0 | ??? |
| Primavera B [Yth] | 23/04/2016 | Atalanta | - | US Salernitana 1919 | 7:0 | ??? |
| Primavera B [Yth] | 07/05/2016 | Atalanta | - | Cesena FC | 3:1 | ??? |
| Primavera C [Yth] | 10/09/2016 | Atalanta | - | Frosinone Calcio | 3:2 | ??? |
| Primavera C [Yth] | 01/10/2016 | Atalanta | - | Novara Calcio | 3:0 | ??? |
| Primavera C [Yth] | 22/10/2016 | Atalanta | - | Bologna FC | 4:2 | ??? |
| Primavera C [Yth] | 19/11/2016 | Atalanta | - | Ternana Calcio | 5:0 | ??? |
| Primavera C [Yth] | 03/12/2016 | Atalanta | - | Inter | 1:2 | ??? |
| Primavera C [Yth] | 17/12/2016 | Atalanta | - | AS Roma | 1:0 | ??? |
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