| 1. Round | 05/03/1999 | Yokohama F. Marinos | - | Bellmare Hiratsuka | 2:0 |  |
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| 2. Round | 12/03/1999 | Kyoto Purple Sanga | - | Yokohama F. Marinos | 1:3 |  |
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| 4. Round | 26/03/1999 | Avispa Fukuoka | - | Yokohama F. Marinos | 2:1 | ||||
| 5. Round | 02/04/1999 | Shimizu S-Pulse | - | Yokohama F. Marinos | 2:3 | ||||
| 6. Round | 09/04/1999 | Yokohama F. Marinos | - | Cerezo Osaka | 6:0 | |
|||
| 7. Round | 16/04/1999 | Júbilo Iwata | - | Yokohama F. Marinos | 1:0 | ||||
| 8. Round | 23/04/1999 | Yokohama F. Marinos | - | Kashima Antlers | 3:3 aet | ||||
| 9. Round | 27/04/1999 | Urawa Red Diamonds | - | Yokohama F. Marinos | 1:2 aet | |
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| 10. Round | 30/04/1999 | Yokohama F. Marinos | - | Nagoya Grampus Eight | 4:3 aet | |
|||
| 12. Round | 07/05/1999 | Yokohama F. Marinos | - | JEF United Ichihara | 4:1 | ||||
| 13. Round | 14/05/1999 | Vissel Kobe | - | Yokohama F. Marinos | 1:0 | ||||
| 14. Round | 21/05/1999 | Yokohama F. Marinos | - | Sanfrecce Hiroshima | 3:2 | |
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| 15. Round | 28/05/1999 | Verdy Kawasaki | - | Yokohama F. Marinos | 1:0 aet | |
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