| 24. Round | 09/09/2016 | Joinville - SC | - | Tupi - MG | 1:1 | ||||
| 25. Round | 13/09/2016 | Joinville - SC | - | Náutico - PE | 0:0 | ||||
| 27. Round | 24/09/2016 | Joinville - SC | - | Avaí - SC | 0:1 | ||||
| 30. Round | 08/10/2016 | Joinville - SC | - | Paysandu - PA | 0:0 | ||||
| 31. Round | 15/10/2016 | Joinville - SC | - | Paraná Clube | 1:0 | ||||
| 33. Round | 29/10/2016 | Joinville - SC | - | Brasil de Pelotas - RS | 1:1 | ||||
| 34. Round | 05/11/2016 | Sampaio Corrêa - MA | - | Joinville - SC | 1:2 |  |
|||
| 35. Round | 08/11/2016 | Joinville - SC | - | CA Bragantino | 1:1 | ||||
| 38. Round | 26/11/2016 | Joinville - SC | - | Vila Nova - GO | 4:2 | |
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