| 15. Round | 02/10/2016 | FK Tosno | - | Luch-Energiya Vladivostok | 1:2 | ||||
| 17. Round | 15/10/2016 | FK Tosno | - | FK Neftekhimik | 4:2 | ||||
| 18. Round | 22/10/2016 | FK Tosno | - | FK Tambov | 2:0 | ||||
| 19. Round | 30/10/2016 | SKA-Khabarovsk | - | FK Tosno | 1:0 | ||||
| 20. Round | 05/11/2016 | FK Tosno | - | Sibir Novosibirsk | 3:0 | ||||
| 21. Round | 09/11/2016 | Mordovia Saransk | - | FK Tosno | 0:2 | ||||
| 23. Round | 19/11/2016 | Fakel Voronezh | - | FK Tosno | 0:0 | ||||
| 24. Round | 26/11/2016 | FK Tosno | - | Sokol Saratov | 5:2 | ||||
| 26. Round | 12/03/2017 | FK Tosno | - | FK Tyumen | 2:2 | ||||
| 27. Round | 19/03/2017 | Enisey Krasnoyarsk | - | FK Tosno | 0:1 | ||||
| 28. Round | 26/03/2017 | FK Tosno | - | Dinamo Moskva | 1:2 | ||||
| 29. Round | 01/04/2017 | Baltika Kaliningrad | - | FK Tosno | 0:2 | ||||
| 30. Round | 08/04/2017 | FK Tosno | - | Zenit St. Petersburg 2 | 4:1 | ||||
| 31. Round | 12/04/2017 | Volgar Astrakhan | - | FK Tosno | 0:1 | ||||
| 35. Round | 06/05/2017 | FK Neftekhimik | - | FK Tosno | 0:2 | ||||
| 36. Round | 10/05/2017 | FK Tambov | - | FK Tosno | 3:0 | ||||
| 38. Round | 20/05/2017 | FK Khimki | - | FK Tosno | 1:3 |
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