| 1. Round | 26/07/2008 | Yverdon Sport FC | - | FC Stade Nyonnais | 3:0 | ||||
| 7. Round | 13/09/2008 | FC Wil 1900 | - | FC Stade Nyonnais | 0:0 | ||||
| 8. Round | 27/09/2008 | FC Stade Nyonnais | - | FC Concordia Basel | 0:0 | ||||
| 9. Round | 04/10/2008 | FC St. Gallen | - | FC Stade Nyonnais | 3:0 | ||||
| 19. Round | 13/03/2009 | FC Stade Nyonnais | - | FC La Chaux-de-Fonds | 1:2 | ||||
| 21. Round | 02/04/2009 | FC Stade Nyonnais | - | FC Wil 1900 | 1:0 |
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