| 3. Round | 14/02/2009 | LDU Quito | - | Manta | 2:1 | ||||
| 4. Round | 21/02/2009 | Manta | - | Deportivo Quito | 1:0 |  |
|||
| 5. Round | 28/02/2009 | Espoli | - | Manta | 0:0 | ||||
| 6. Round | 08/03/2009 | Manta | - | Macará | 1:2 | ||||
| 7. Round | 15/03/2009 | Emelec | - | Manta | 2:0 | ||||
| 8. Round | 22/03/2009 | Manta | - | Liga de Portoviejo | 1:1 | ||||
| 13. Round | 28/05/2009 | Deportivo Cuenca | - | Manta | 2:1 | ||||
| 17. Round | 31/05/2009 | Macará | - | Manta | 1:0 | ||||
| 21. Round | 05/07/2009 | Manta | - | Olmedo | 1:1 | ||||
| 22. Round | 12/07/2009 | Barcelona | - | Manta | 1:0 |
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