| 16. Round | 11/11/2000 | Rot-Weiß Erfurt | - | Bayern München II | 2:5 | ||||
| 18. Round | 25/11/2000 | VfR Mannheim | - | Bayern München II | 4:1 | ||||
| 23. Round | 11/03/2001 | Bayern München II | - | SV Wehen-Taunusstein | 0:1 | ||||
| 24. Round | 17/03/2001 | FC Carl Zeiss Jena | - | Bayern München II | 1:1 |  |
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| 25. Round | 01/04/2001 | Bayern München II | - | Sportfreunde Siegen | 4:2 |
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