| 1. Round | 21/08/2006 | LDU Quito | - | El Nacional | 2:3 |  |
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| 1. Round | 28/08/2006 | El Nacional | - | LDU Quito | 1:1 | ||||
| 2. Round | 11/09/2006 | Universitario de Sucre | - | El Nacional | 1:3 |  |
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| 2. Round | 20/09/2006 | El Nacional | - | Universitario de Sucre | 2:1 | ||||
| Round of 16 | 25/09/2006 | Deportivo Toluca | - | El Nacional | 1:0 | |
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| Round of 16 | 09/10/2006 | El Nacional | - | Deportivo Toluca | 0:2 | |
Ecuador