| 19. Round | 17/02/2024 | SC Brühl | - | FC Rapperswil-Jona | 2:4 | ||||
| 20. Round | 24/02/2024 | FC Rapperswil-Jona | - | FC Lugano II | 3:0 | ||||
| 21. Round | 03/03/2024 | FC Biel/Bienne | - | FC Rapperswil-Jona | 0:1 | ||||
| 22. Round | 09/03/2024 | FC Rapperswil-Jona | - | FC Basel 1893 II | 3:0 | ||||
| 23. Round | 16/03/2024 | FC Breitenrain Bern | - | FC Rapperswil-Jona | 2:0 | ||||
| 25. Round | 30/03/2024 | FC Zürich II | - | FC Rapperswil-Jona | 3:4 | ||||
| 27. Round | 13/04/2024 | FC Rapperswil-Jona | - | SC Kriens | 4:1 | ||||
| 29. Round | 20/04/2024 | FC Rapperswil-Jona | - | FC Paradiso | 2:0 | ||||
| 30. Round | 27/04/2024 | FC Bulle | - | FC Rapperswil-Jona | 0:1 | ||||
| 31. Round | 04/05/2024 | FC Rapperswil-Jona | - | FC Bavois | 1:1 | ||||
| 32. Round | 08/05/2024 | SC Cham | - | FC Rapperswil-Jona | 1:2 |  |
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