| 22. Round | 08/03/2025 | FC Bulle | - | FC Rapperswil-Jona | 1:2 | ||||
| 23. Round | 15/03/2025 | FC Rapperswil-Jona | - | BSC Young Boys II | 3:1 | ||||
| 24. Round | 23/03/2025 | FC Lugano II | - | FC Rapperswil-Jona | 0:2 | ||||
| 25. Round | 29/03/2025 | FC Rapperswil-Jona | - | FC Baden | 1:1 | ||||
| 26. Round | 05/04/2025 | FC Breitenrain Bern | - | FC Rapperswil-Jona | 1:1 | ||||
| 27. Round | 09/04/2025 | FC Rapperswil-Jona | - | SC Brühl | 5:1 |  |
|||
| 28. Round | 13/04/2025 | FC Biel/Bienne | - | FC Rapperswil-Jona | 0:0 | ||||
| 29. Round | 19/04/2025 | FC Rapperswil-Jona | - | FC Zürich II | 3:0 | ||||
| 30. Round | 26/04/2025 | SC Kriens | - | FC Rapperswil-Jona | 1:5 | ||||
| 31. Round | 03/05/2025 | FC Luzern II | - | FC Rapperswil-Jona | 0:2 | ||||
| 32. Round | 10/05/2025 | FC Rapperswil-Jona | - | FC Grand-Saconnex | 4:2 |
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