| 4. Round | 24/08/2024 | Vevey-Sports | - | FC Rapperswil-Jona | 3:2 | ||||
| 5. Round | 31/08/2024 | FC Rapperswil-Jona | - | FC Bulle | 5:0 | ||||
| 6. Round | 07/09/2024 | BSC Young Boys II | - | FC Rapperswil-Jona | 1:3 | ||||
| 8. Round | 21/09/2024 | FC Baden | - | FC Rapperswil-Jona | 1:2 | ||||
| 7. Round | 25/09/2024 | FC Rapperswil-Jona | - | FC Lugano II | 2:3 | ||||
| 13. Round | 23/10/2024 | FC Rapperswil-Jona | - | SC Kriens | 0:2 | ||||
| 16. Round | 09/11/2024 | FC Rapperswil-Jona | - | SC Cham | 1:2 | ||||
| 17. Round | 16/11/2024 | FC Bavois | - | FC Rapperswil-Jona | 0:1 | ||||
| 23. Round | 15/03/2025 | FC Rapperswil-Jona | - | BSC Young Boys II | 3:1 | ||||
| 24. Round | 23/03/2025 | FC Lugano II | - | FC Rapperswil-Jona | 0:2 | ||||
| 25. Round | 29/03/2025 | FC Rapperswil-Jona | - | FC Baden | 1:1 | ||||
| 26. Round | 05/04/2025 | FC Breitenrain Bern | - | FC Rapperswil-Jona | 1:1 | ||||
| 27. Round | 09/04/2025 | FC Rapperswil-Jona | - | SC Brühl | 5:1 | ||||
| 31. Round | 03/05/2025 | FC Luzern II | - | FC Rapperswil-Jona | 0:2 | ||||
| 32. Round | 10/05/2025 | FC Rapperswil-Jona | - | FC Grand-Saconnex | 4:2 | ||||
| 33. Round | 17/05/2025 | SC Cham | - | FC Rapperswil-Jona | 0:2 | ||||
| 34. Round | 24/05/2025 | FC Rapperswil-Jona | - | FC Bavois | 2:1 |
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