| 1. Round | 31/01/2009 | Manta | - | Barcelona | 0:0 | ||||
| 3. Round | 15/02/2009 | Espoli | - | Barcelona | 2:1 | ||||
| 4. Round | 21/02/2009 | Barcelona | - | Macará | 0:0 |  |
|||
| 5. Round | 01/03/2009 | Emelec | - | Barcelona | 0:0 | ||||
| 6. Round | 08/03/2009 | Barcelona | - | Liga de Portoviejo | 5:0 | ||||
| 7. Round | 15/03/2009 | El Nacional | - | Barcelona | 2:0 | ||||
| 10. Round | 13/04/2009 | Barcelona | - | LDU Quito | 2:1 | ||||
| 11. Round | 19/04/2009 | Barcelona | - | Olmedo | 1:0 | ||||
| 12. Round | 25/04/2009 | Olmedo | - | Barcelona | 1:0 | ||||
| 14. Round | 10/05/2009 | Barcelona | - | Técnico Universitario | 4:1 |
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