| 1. Round | 30/07/2016 | Vysočina Jihlava | - | Viktoria Plzeň | 1:2 | ||||
| 2. Round | 07/08/2016 | Slovan Liberec | - | Vysočina Jihlava | 1:1 | ||||
| 17. Round | 18/02/2017 | Slavia Praha | - | Vysočina Jihlava | 2:0 | ||||
| 21. Round | 19/03/2017 | FK Jablonec | - | Vysočina Jihlava | 5:0 | ||||
| 22. Round | 01/04/2017 | Vysočina Jihlava | - | 1. FC Slovácko | 0:0 | ||||
| 23. Round | 08/04/2017 | Bohemians Praha 1905 | - | Vysočina Jihlava | 1:0 | ||||
| 24. Round | 15/04/2017 | Vysočina Jihlava | - | AC Sparta Praha | 1:0 | ||||
| 25. Round | 21/04/2017 | FK Dukla Praha | - | Vysočina Jihlava | 4:1 | ||||
| 26. Round | 28/04/2017 | Vysočina Jihlava | - | Zbrojovka Brno | 3:0 |  |
|||
| 27. Round | 07/05/2017 | FK Mladá Boleslav | - | Vysočina Jihlava | 3:1 | ||||
| 28. Round | 13/05/2017 | FC Fastav Zlín | - | Vysočina Jihlava | 0:3 | ||||
| 29. Round | 20/05/2017 | Vysočina Jihlava | - | 1. FK Příbram | 1:1 |
Czech Republic