| 10. Round | 25/10/2008 | FC Stade Nyonnais | - | FC Thun | 0:2 | ||||
| 11. Round | 01/11/2008 | FC Lausanne-Sport | - | FC Stade Nyonnais | 1:0 | ||||
| 12. Round | 08/11/2008 | FC Stade Nyonnais | - | FC Lugano | 0:2 | ||||
| 13. Round | 16/11/2008 | FC Winterthur | - | FC Stade Nyonnais | 1:2 | ||||
| 14. Round | 29/11/2008 | FC Stade Nyonnais | - | FC Schaffhausen | 3:1 |  |
|||
| 15. Round | 06/12/2008 | FC Wohlen | - | FC Stade Nyonnais | 2:0 | ||||
| 18. Round | 07/03/2009 | Servette FC | - | FC Stade Nyonnais | 0:0 | ||||
| 19. Round | 13/03/2009 | FC Stade Nyonnais | - | FC La Chaux-de-Fonds | 1:2 | ||||
| 20. Round | 20/03/2009 | FC Gossau | - | FC Stade Nyonnais | 2:3 | ||||
| 21. Round | 02/04/2009 | FC Stade Nyonnais | - | FC Wil 1900 | 1:0 | ||||
| 22. Round | 11/04/2009 | FC Concordia Basel | - | FC Stade Nyonnais | 2:1 | ||||
| 23. Round | 18/04/2009 | FC Stade Nyonnais | - | FC St. Gallen | 1:4 | ||||
| 24. Round | 22/04/2009 | FC Thun | - | FC Stade Nyonnais | 1:1 | |
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| 25. Round | 26/04/2009 | FC Stade Nyonnais | - | FC Lausanne-Sport | 0:2 | ||||
| 26. Round | 02/05/2009 | FC Lugano | - | FC Stade Nyonnais | 4:0 | ||||
| 27. Round | 09/05/2009 | FC Stade Nyonnais | - | FC Winterthur | 2:1 | ||||
| 28. Round | 17/05/2009 | FC Stade Nyonnais | - | Yverdon Sport FC | 1:3 |
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