| 2. Round | 07/03/2020 | Santa Rita | - | Independiente Juniors | 3:1 |  |
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| 3. Round | 23/08/2020 | Independiente Juniors | - | 9 de Octubre | 2:0 | ||||
| 4. Round | 28/08/2020 | Independiente Juniors | - | Chacaritas FC | 2:2 | ||||
| 5. Round | 05/09/2020 | Atlético Santo Domingo | - | Independiente Juniors | 0:1 | ||||
| 6. Round | 15/09/2020 | Independiente Juniors | - | Gualaceo SC | 1:1 |  |
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| 7. Round | 18/09/2020 | América de Quito | - | Independiente Juniors | 1:0 | ||||
| 8. Round | 21/09/2020 | Independiente Juniors | - | Fuerza Amarilla | 2:0 | ||||
| 9. Round | 28/09/2020 | Manta | - | Independiente Juniors | 1:3 | |
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| 10. Round | 04/10/2020 | Independiente Juniors | - | Santa Rita | 2:2 | |
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| 11. Round | 10/10/2020 | 9 de Octubre | - | Independiente Juniors | 5:1 |  |
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| 14. Round | 25/10/2020 | Gualaceo SC | - | Independiente Juniors | 1:0 | ||||
| 15. Round | 30/10/2020 | Independiente Juniors | - | América de Quito | 0:3 | |
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| 16. Round | 04/11/2020 | Fuerza Amarilla | - | Independiente Juniors | 0:0 | ||||
| 17. Round | 08/11/2020 | Independiente Juniors | - | Manta | 1:1 | ||||
| 18. Round | 14/11/2020 | Atlético Porteño | - | Independiente Juniors | 2:2 |
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