| 2. Round | 25/08/2016 | Cuiabá - MT | - | Chapecoense | 1:0 | ||||
| 2. Round | 01/09/2016 | Chapecoense | - | Cuiabá - MT | 3:1 | ||||
| Round of 16 | 21/09/2016 | Independiente | - | Chapecoense | 0:0 |  |
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| Round of 16 | 28/09/2016 | Chapecoense | - | Independiente | 5:4 pso | ||||
| Quarter-finals | 27/10/2016 | Chapecoense | - | Atlético Junior | 3:0 | ||||
| Semi-finals | 02/11/2016 | San Lorenzo | - | Chapecoense | 1:1 | ||||
| Semi-finals | 23/11/2016 | Chapecoense | - | San Lorenzo | 0:0 |
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