| 3. Round | 17/08/1999 | Yokohama F. Marinos | - | Urawa Red Diamonds | 2:0 | ||||
| 4. Round | 20/08/1999 | Nagoya Grampus Eight | - | Yokohama F. Marinos | 2:2 aet | ||||
| 5. Round | 27/08/1999 | Yokohama F. Marinos | - | Gamba Osaka | 3:0 | ||||
| 6. Round | 03/09/1999 | JEF United Ichihara | - | Yokohama F. Marinos | 2:3 aet | ||||
| 11. Round | 29/10/1999 | Kashiwa Reysol | - | Yokohama F. Marinos | 1:1 aet | ||||
| 12. Round | 16/11/1999 | Yokohama F. Marinos | - | Kyoto Purple Sanga | 2:0 | ||||
| 14. Round | 22/11/1999 | Yokohama F. Marinos | - | Shimizu S-Pulse | 1:2 |
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