| 3. Round | 12/03/2016 | Albirex Niigata | - | Yokohama F. Marinos | 1:2 | ||||
| 4. Round | 19/03/2016 | Yokohama F. Marinos | - | Sagan Tosu | 2:1 | ||||
| 5. Round | 02/04/2016 | Gamba Osaka | - | Yokohama F. Marinos | 1:2 | ||||
| 6. Round | 10/04/2016 | Yokohama F. Marinos | - | Urawa Red Diamonds | 0:0 | ||||
| 7. Round | 16/04/2016 | Júbilo Iwata | - | Yokohama F. Marinos | 1:5 | ||||
| 8. Round | 24/04/2016 | Yokohama F. Marinos | - | Sanfrecce Hiroshima | 1:2 | ||||
| 9. Round | 30/04/2016 | Yokohama F. Marinos | - | Shonan Bellmare | 0:1 | ||||
| 10. Round | 04/05/2016 | Nagoya Grampus | - | Yokohama F. Marinos | 3:1 | ||||
| 11. Round | 08/05/2016 | Yokohama F. Marinos | - | Ventforet Kofu | 2:2 | ||||
| 14. Round | 29/05/2016 | Yokohama F. Marinos | - | Kashiwa Reysol | 3:0 |  |
|||
| 15. Round | 11/06/2016 | Yokohama F. Marinos | - | Kawasaki Frontale | 0:2 | ||||
| 16. Round | 18/06/2016 | RB Omiya Ardija | - | Yokohama F. Marinos | 1:1 | ||||
| 17. Round | 25/06/2016 | Yokohama F. Marinos | - | FC Tokyo | 0:1 |
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