| 3. Round | 13/07/2016 | Yokohama F. Marinos | - | Vissel Kobe | 3:2 | ||||
| 4. Round | 17/07/2016 | Sanfrecce Hiroshima | - | Yokohama F. Marinos | 2:2 | ||||
| 7. Round | 06/08/2016 | Kashiwa Reysol | - | Yokohama F. Marinos | 1:2 | ||||
| 8. Round | 13/08/2016 | Yokohama F. Marinos | - | RB Omiya Ardija | 1:1 | ||||
| 9. Round | 20/08/2016 | FC Tokyo | - | Yokohama F. Marinos | 1:0 | ||||
| 10. Round | 27/08/2016 | Yokohama F. Marinos | - | Kashima Antlers | 2:2 | ||||
| 11. Round | 10/09/2016 | Vegalta Sendai | - | Yokohama F. Marinos | 0:1 | ||||
| 13. Round | 25/09/2016 | Kawasaki Frontale | - | Yokohama F. Marinos | 3:2 | ||||
| 14. Round | 01/10/2016 | Ventforet Kofu | - | Yokohama F. Marinos | 0:4 | ||||
| 17. Round | 03/11/2016 | Urawa Red Diamonds | - | Yokohama F. Marinos | 1:1 |
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