| 1. Round | 31/08/2016 | Danubio | - | Nacional | 2:1 | ||||
| 2. Round | 04/09/2016 | Nacional | - | Plaza Colonia | 3:2 | ||||
| 3. Round | 11/09/2016 | Liverpool | - | Nacional | 2:1 |  |
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| 4. Round | 17/09/2016 | Fénix | - | Nacional | 0:1 | ||||
| 5. Round | 24/09/2016 | Montevideo Wanderers | - | Nacional | 1:3 | |
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| 7. Round | 08/10/2016 | Nacional | - | Rampla Juniors | 2:0 | |
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| 8. Round | 16/10/2016 | Nacional | - | Sud América | 1:0 | |
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| 10. Round | 30/10/2016 | Nacional | - | River Plate | 3:1 | |
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| 11. Round | 12/11/2016 | CA Cerro | - | Nacional | 0:0 | ||||
| 12. Round | 20/11/2016 | Defensor Sporting | - | Nacional | 3:2 | ||||
| 14. Round | 04/12/2016 | Nacional | - | Juventud de Las Piedras | 2:0 | ||||
| 15. Round | 11/12/2016 | Nacional | - | Boston River | 1:0 |
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