| 4. Round | 31/03/2000 | Kashima Antlers | - | Yokohama F. Marinos | 2:3 | ||||
| 5. Round | 04/04/2000 | Yokohama F. Marinos | - | Vissel Kobe | 1:0 | ||||
| 6. Round | 07/04/2000 | Verdy Kawasaki | - | Yokohama F. Marinos | 1:3 | ||||
| 7. Round | 14/04/2000 | Yokohama F. Marinos | - | Nagoya Grampus Eight | 2:0 | ||||
| 8. Round | 21/04/2000 | Kashiwa Reysol | - | Yokohama F. Marinos | 3:2 aet | ||||
| 9. Round | 28/04/2000 | Yokohama F. Marinos | - | Gamba Osaka | 4:1 | ||||
| 10. Round | 02/05/2000 | Sanfrecce Hiroshima | - | Yokohama F. Marinos | 2:0 | ||||
| 11. Round | 05/05/2000 | Yokohama F. Marinos | - | Kyoto Purple Sanga | 2:1 | ||||
| 12. Round | 12/05/2000 | Avispa Fukuoka | - | Yokohama F. Marinos | 2:4 |  |
|||
| 13. Round | 16/05/2000 | Yokohama F. Marinos | - | Kawasaki Frontale | 4:1 | |
|||
| 14. Round | 19/05/2000 | Yokohama F. Marinos | - | Cerezo Osaka | 2:3 | ||||
| 15. Round | 26/05/2000 | JEF United Ichihara | - | Yokohama F. Marinos | 0:2 |
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