| 1. Round | 29/07/2006 | FK Mladá Boleslav | - | Sigma Olomouc | 2:1 | ||||
| 2. Round | 05/08/2006 | 1. FC Slovácko | - | FK Mladá Boleslav | 0:2 | ||||
| 4. Round | 18/08/2006 | FK Jablonec 97 | - | FK Mladá Boleslav | 0:2 | ||||
| 5. Round | 27/08/2006 | FK Mladá Boleslav | - | AC Sparta Praha | 3:0 |  |
|||
| 6. Round | 10/09/2006 | FK Marila Příbram | - | FK Mladá Boleslav | 1:2 | ||||
| 8. Round | 24/09/2006 | FK Mladá Boleslav | - | Tescoma Zlín | 2:0 | ||||
| 9. Round | 01/10/2006 | FK Teplice | - | FK Mladá Boleslav | 2:0 | ||||
| 11. Round | 23/10/2006 | 1. FC Brno | - | FK Mladá Boleslav | 2:0 |  |
|||
| 13. Round | 05/11/2006 | Baník Ostrava | - | FK Mladá Boleslav | 2:0 | ||||
| 14. Round | 13/11/2006 | FK Mladá Boleslav | - | FK SIAD Most | 2:1 | ||||
| 16. Round | 26/11/2006 | FK Mladá Boleslav | - | 1. FC Slovácko | 2:2 | ||||
| 17. Round | 03/12/2006 | Sigma Olomouc | - | FK Mladá Boleslav | 3:1 |
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