| 2. Round | 14/03/2009 | Shimizu S-Pulse | - | Yokohama F. Marinos | 0:0 | ||||
| 4. Round | 05/04/2009 | Vissel Kobe | - | Shimizu S-Pulse | 0:1 | ||||
| 5. Round | 12/04/2009 | Shimizu S-Pulse | - | Kawasaki Frontale | 1:0 | ||||
| 8. Round | 29/04/2009 | Shimizu S-Pulse | - | Urawa Red Diamonds | 2:2 | ||||
| 9. Round | 02/05/2009 | Sanfrecce Hiroshima | - | Shimizu S-Pulse | 0:0 | ||||
| 12. Round | 16/05/2009 | Shimizu S-Pulse | - | Oita Trinita | 3:1 | ||||
| 13. Round | 23/05/2009 | Albirex Niigata | - | Shimizu S-Pulse | 0:1 | ||||
| 14. Round | 20/06/2009 | Shimizu S-Pulse | - | Montedio Yamagata | 4:1 | ||||
| 15. Round | 27/06/2009 | FC Tokyo | - | Shimizu S-Pulse | 2:1 | ||||
| 16. Round | 04/07/2009 | Shimizu S-Pulse | - | Kyoto Sanga FC | 3:3 | ||||
| 17. Round | 11/07/2009 | Gamba Osaka | - | Shimizu S-Pulse | 1:4 | ||||
| 19. Round | 25/07/2009 | JEF United Chiba | - | Shimizu S-Pulse | 1:2 | ||||
| 22. Round | 19/08/2009 | Kyoto Sanga FC | - | Shimizu S-Pulse | 0:1 | ||||
| 24. Round | 30/08/2009 | Kawasaki Frontale | - | Shimizu S-Pulse | 1:1 |  |
|||
| 25. Round | 12/09/2009 | Shimizu S-Pulse | - | RB Omiya Ardija | 1:0 | ||||
| 26. Round | 19/09/2009 | Montedio Yamagata | - | Shimizu S-Pulse | 0:1 | ||||
| 32. Round | 21/11/2009 | Shimizu S-Pulse | - | Gamba Osaka | 0:2 |
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