| 9. Round | 01/10/2016 | FK Mladá Boleslav | - | FK Dukla Praha | 1:0 | ||||
| 10. Round | 14/10/2016 | Bohemians Praha 1905 | - | FK Mladá Boleslav | 1:3 |  |
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| 11. Round | 22/10/2016 | FK Mladá Boleslav | - | Zbrojovka Brno | 3:3 | ||||
| 12. Round | 29/10/2016 | FK Mladá Boleslav | - | FC Fastav Zlín | 1:2 | ||||
| 13. Round | 04/11/2016 | Vysočina Jihlava | - | FK Mladá Boleslav | 2:1 | ||||
| 15. Round | 26/11/2016 | Slavia Praha | - | FK Mladá Boleslav | 2:1 |  |
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| 17. Round | 19/02/2017 | MFK Karviná | - | FK Mladá Boleslav | 1:1 |  |
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| 18. Round | 27/02/2017 | FK Mladá Boleslav | - | FK Teplice | 1:1 | ||||
| 19. Round | 04/03/2017 | FC Hradec Králové | - | FK Mladá Boleslav | 0:0 | |
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| 22. Round | 31/03/2017 | FK Mladá Boleslav | - | FK Jablonec | 0:0 | ||||
| 23. Round | 07/04/2017 | FK Dukla Praha | - | FK Mladá Boleslav | 1:2 | ||||
| 24. Round | 15/04/2017 | FK Mladá Boleslav | - | Bohemians Praha 1905 | 1:1 | |
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| 27. Round | 07/05/2017 | FK Mladá Boleslav | - | Vysočina Jihlava | 3:1 |
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