| 15. Round | 16/01/2021 | FK Mladá Boleslav | - | Zbrojovka Brno | 1:1 |  |
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| 16. Round | 24/01/2021 | AC Sparta Praha | - | FK Mladá Boleslav | 1:0 |  |
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| 17. Round | 02/02/2021 | FK Mladá Boleslav | - | Sigma Olomouc | 1:1 | |
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| 21. Round | 28/02/2021 | FK Mladá Boleslav | - | MFK Karviná | 2:0 | ||||
| 22. Round | 07/03/2021 | Dynamo České Budějovice | - | FK Mladá Boleslav | 1:3 | ||||
| 23. Round | 14/03/2021 | FK Mladá Boleslav | - | Slavia Praha | 0:3 | |
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| 24. Round | 19/03/2021 | FK Pardubice | - | FK Mladá Boleslav | 2:2 | ||||
| 25. Round | 04/04/2021 | FK Mladá Boleslav | - | 1. FK Příbram | 0:0 | ||||
| 26. Round | 11/04/2021 | FK Teplice | - | FK Mladá Boleslav | 1:3 | ||||
| 27. Round | 17/04/2021 | FK Mladá Boleslav | - | SFC Opava | 2:0 | ||||
| 28. Round | 20/04/2021 | Baník Ostrava | - | FK Mladá Boleslav | 2:1 | ||||
| 29. Round | 24/04/2021 | FK Mladá Boleslav | - | Slovan Liberec | 0:1 | ||||
| 30. Round | 01/05/2021 | 1. FC Slovácko | - | FK Mladá Boleslav | 0:1 | |
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| 32. Round | 16/05/2021 | FK Mladá Boleslav | - | AC Sparta Praha | 4:5 | ||||
| 33. Round | 23/05/2021 | Sigma Olomouc | - | FK Mladá Boleslav | 0:3 | ||||
| 34. Round | 29/05/2021 | FK Mladá Boleslav | - | Bohemians Praha 1905 | 3:1 | |
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