| 14. Round | 02/07/2016 | Atlético Goianiense | - | Náutico - PE | 3:0 | ||||
| 15. Round | 09/07/2016 | Goiás - GO | - | Atlético Goianiense | 2:2 | ||||
| 16. Round | 12/07/2016 | Atlético Goianiense | - | Londrina - PR | 1:2 | ||||
| 17. Round | 23/07/2016 | Tupi - MG | - | Atlético Goianiense | 1:0 |  |
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| 18. Round | 31/07/2016 | Atlético Goianiense | - | Sampaio Corrêa - MA | 4:1 | ||||
| 19. Round | 17/08/2016 | Bahia - BA | - | Atlético Goianiense | 1:1 | |
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| 24. Round | 06/09/2016 | Atlético Goianiense | - | Luverdense - MT | 2:0 | ||||
| 25. Round | 14/09/2016 | CA Bragantino | - | Atlético Goianiense | 1:2 | ||||
| 26. Round | 17/09/2016 | Atlético Goianiense | - | Paraná Clube | 2:0 | ||||
| 27. Round | 24/09/2016 | Vasco da Gama - RJ | - | Atlético Goianiense | 2:0 | ||||
| 28. Round | 27/09/2016 | Atlético Goianiense | - | Joinville - SC | 1:1 | ||||
| 29. Round | 05/10/2016 | CR Brasil - AL | - | Atlético Goianiense | 1:2 | |
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| 37. Round | 19/11/2016 | Sampaio Corrêa - MA | - | Atlético Goianiense | 0:1 | ||||
| 38. Round | 26/11/2016 | Atlético Goianiense | - | Bahia - BA | 2:1 |
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