| 17. Round | 02/03/2025 | Baník Ostrava B | - | FK MAS Táborsko | 2:2 | ||||
| 18. Round | 08/03/2025 | MFK Vyškov | - | Baník Ostrava B | 1:3 | ||||
| 19. Round | 16/03/2025 | Baník Ostrava B | - | MFK Chrudim | 1:0 | ||||
| 20. Round | 28/03/2025 | 1. SK Prostějov | - | Baník Ostrava B | 1:0 | ||||
| 21. Round | 07/04/2025 | Baník Ostrava B | - | Sigma Olomouc B | 3:0 | ||||
| 22. Round | 12/04/2025 | SK Líšeň | - | Baník Ostrava B | 0:0 | ||||
| 23. Round | 16/04/2025 | Baník Ostrava B | - | Viktoria Žižkov | 3:4 |  |
|||
| 25. Round | 28/04/2025 | Baník Ostrava B | - | FC Sellier & Bellot Vlašim | 3:1 | ||||
| 26. Round | 02/05/2025 | Vysočina Jihlava | - | Baník Ostrava B | 2:1 | |
|||
| 27. Round | 07/05/2025 | Baník Ostrava B | - | Slavia Praha B | 0:3 | ||||
| 28. Round | 12/05/2025 | Baník Ostrava B | - | SFC Opava | 0:0 |
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