| 2. Round | 11/03/2006 | Urawa Red Diamonds | - | Júbilo Iwata | 3:1 | ||||
| 8. Round | 16/04/2006 | Júbilo Iwata | - | Sanfrecce Hiroshima | 3:0 |  |
|||
| 9. Round | 22/04/2006 | JEF United Chiba | - | Júbilo Iwata | 0:0 | ||||
| 10. Round | 30/04/2006 | Júbilo Iwata | - | Ventforet Kofu | 2:0 | ||||
| 12. Round | 06/05/2006 | Júbilo Iwata | - | Nagoya Grampus Eight | 2:2 | ||||
| 13. Round | 19/07/2006 | RB Omiya Ardija | - | Júbilo Iwata | 2:1 | ||||
| 20. Round | 26/08/2006 | Ventforet Kofu | - | Júbilo Iwata | 1:1 | ||||
| 21. Round | 30/08/2006 | Sanfrecce Hiroshima | - | Júbilo Iwata | 2:1 | ||||
| 23. Round | 17/09/2006 | Kawasaki Frontale | - | Júbilo Iwata | 3:4 |  |
|||
| 24. Round | 23/09/2006 | Júbilo Iwata | - | Oita Trinita | 2:3 | ||||
| 25. Round | 30/09/2006 | Yokohama F. Marinos | - | Júbilo Iwata | 0:1 | ||||
| 27. Round | 14/10/2006 | Júbilo Iwata | - | RB Omiya Ardija | 2:1 | ||||
| 28. Round | 21/10/2006 | Avispa Fukuoka | - | Júbilo Iwata | 2:1 |
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