| 2. Round | 10/08/2008 | FK Mladá Boleslav | - | Tescoma Zlín | 1:0 | ||||
| 4. Round | 24/08/2008 | SK Kladno | - | Tescoma Zlín | 1:1 | ||||
| 7. Round | 22/09/2008 | Tescoma Zlín | - | Slavia Praha | 0:3 | ||||
| 11. Round | 26/10/2008 | Tescoma Zlín | - | Baník Ostrava | 2:5 |  |
|||
| 12. Round | 02/11/2008 | Bohemians Praha | - | Tescoma Zlín | 1:0 | ||||
| 16. Round | 29/11/2008 | Tescoma Zlín | - | FK Mladá Boleslav | 0:2 |
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