| 1. Round | 26/07/2003 | Sigma Olomouc | - | Tescoma Zlín | 2:0 | ||||
| 4. Round | 16/08/2003 | Tescoma Zlín | - | Slovan Liberec | 0:0 | ||||
| 7. Round | 13/09/2003 | SFC Opava | - | Tescoma Zlín | 2:0 | ||||
| 8. Round | 20/09/2003 | Tescoma Zlín | - | Chmel Blsany | 3:1 | ||||
| 9. Round | 27/09/2003 | Baník Ostrava | - | Tescoma Zlín | 3:0 | ||||
| 10. Round | 03/10/2003 | Tescoma Zlín | - | 1. FC Brno | 3:2 | ||||
| 12. Round | 25/10/2003 | FK Jablonec 97 | - | Tescoma Zlín | 2:1 | ||||
| 13. Round | 01/11/2003 | Tescoma Zlín | - | AC Sparta Praha | 1:0 | ||||
| 14. Round | 08/11/2003 | FK Marila Příbram | - | Tescoma Zlín | 2:4 | ||||
| 15. Round | 22/11/2003 | Tescoma Zlín | - | FK Teplice | 1:0 |  |
|||
| 16. Round | 01/12/2003 | Tescoma Zlín | - | Sigma Olomouc | 1:0 | ||||
| 17. Round | 15/02/2004 | Dynamo České Budějovice | - | Tescoma Zlín | 3:0 | ||||
| 18. Round | 21/02/2004 | Tescoma Zlín | - | Slavia Praha | 1:2 | ||||
| 20. Round | 06/03/2004 | Tescoma Zlín | - | 1. FC Synot Stare Mesto | 2:0 |  |
|
||
| 22. Round | 20/03/2004 | Tescoma Zlín | - | SFC Opava | 0:0 | ||||
| 28. Round | 02/05/2004 | AC Sparta Praha | - | Tescoma Zlín | 3:1 | ||||
| 29. Round | 08/05/2004 | Tescoma Zlín | - | FK Marila Příbram | 0:2 | ||||
| 30. Round | 15/05/2004 | FK Teplice | - | Tescoma Zlín | 3:0 |
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