| 5. Round | 26/08/2016 | Vysočina Jihlava | - | FK Teplice | 0:2 | ||||
| 7. Round | 17/09/2016 | Vysočina Jihlava | - | FK Jablonec | 1:1 | ||||
| 8. Round | 24/09/2016 | 1. FC Slovácko | - | Vysočina Jihlava | 1:1 | ||||
| 9. Round | 30/09/2016 | Vysočina Jihlava | - | Bohemians Praha 1905 | 0:2 | ||||
| 10. Round | 16/10/2016 | AC Sparta Praha | - | Vysočina Jihlava | 3:0 | ||||
| 12. Round | 29/10/2016 | Zbrojovka Brno | - | Vysočina Jihlava | 1:1 | ||||
| 13. Round | 04/11/2016 | Vysočina Jihlava | - | FK Mladá Boleslav | 2:1 | ||||
| 14. Round | 18/11/2016 | Vysočina Jihlava | - | FC Fastav Zlín | 1:3 | ||||
| 16. Round | 03/12/2016 | Vysočina Jihlava | - | Slovan Liberec | 1:0 | ||||
| 18. Round | 24/02/2017 | Vysočina Jihlava | - | FC Hradec Králové | 3:1 | ||||
| 19. Round | 04/03/2017 | FK Teplice | - | Vysočina Jihlava | 1:0 | ||||
| 20. Round | 11/03/2017 | Vysočina Jihlava | - | MFK Karviná | 2:4 | ||||
| 21. Round | 19/03/2017 | FK Jablonec | - | Vysočina Jihlava | 5:0 | ||||
| 30. Round | 27/05/2017 | Viktoria Plzeň | - | Vysočina Jihlava | 2:0 |
Czech Republic