| 18. Round | 09/03/2025 | FC Zlín B | - | FC Zlínsko | 0:2 | ||||
| 20. Round | 22/03/2025 | FK Blansko | - | FC Zlínsko | 0:0 |  |
|||
| 21. Round | 28/03/2025 | FC Zlínsko | - | ČSK Uherský Brod | 1:2 | ||||
| 19. Round | 02/04/2025 | FC Zlínsko | - | FC Zbrojovka Brno B | 1:2 |  |
|||
| 23. Round | 11/04/2025 | SK Uničov | - | FC Zlínsko | 0:0 | ||||
| 24. Round | 18/04/2025 | FC Zlínsko | - | FC Strání | 1:1 | ||||
| 25. Round | 26/04/2025 | Hanácká Slávia Kroměříž | - | FC Zlínsko | 1:0 | ||||
| 33. Round | 30/04/2025 | FC Hlučín | - | FC Zlínsko | 2:2 | |
|
||
| 26. Round | 04/05/2025 | FC Zlínsko | - | TJ Unie Hlubina | 0:0 | |
|||
| 27. Round | 09/05/2025 | FK Třinec | - | FC Zlínsko | 2:0 | ||||
| 22. Round | 13/05/2025 | 1. SC Znojmo | - | FC Zlínsko | 1:3 | |
|||
| 28. Round | 16/05/2025 | FC Zlínsko | - | FK Hodonín | 1:4 | ||||
| 29. Round | 25/05/2025 | 1. FC Slovácko B | - | FC Zlínsko | 1:1 | |
|||
| 30. Round | 30/05/2025 | FC Zlínsko | - | FK Frýdek-Místek | 5:4 |
Czech Republic