| 1. Round | 18/08/2012 | Elazığspor | - | Fenerbahçe | 1:1 | ||||
| 3. Round | 02/09/2012 | Sivasspor | - | Fenerbahçe | 0:0 | ||||
| 4. Round | 16/09/2012 | Fenerbahçe | - | Mersin Idmanyurdu | 2:1 |  |
|||
| 5. Round | 24/09/2012 | Fenerbahçe | - | Trabzonspor | 0:0 | ||||
| 6. Round | 29/09/2012 | Kasımpaşa SK | - | Fenerbahçe | 2:0 | ||||
| 8. Round | 20/10/2012 | Bursaspor | - | Fenerbahçe | 1:1 | ||||
| 9. Round | 29/10/2012 | Fenerbahçe | - | Antalyaspor | 1:3 | ||||
| 10. Round | 03/11/2012 | Akhisar Belediyespor | - | Fenerbahçe | 1:2 | ||||
| 11. Round | 11/11/2012 | Fenerbahçe | - | Orduspor 1967 | 2:1 | ||||
| 13. Round | 25/11/2012 | Fenerbahçe | - | Gençlerbirliği | 4:1 | ||||
| 14. Round | 02/12/2012 | Kayserispor | - | Fenerbahçe | 1:1 | ||||
| 16. Round | 16/12/2012 | Galatasaray | - | Fenerbahçe | 2:1 | ||||
| 23. Round | 24/02/2013 | Fenerbahçe | - | Kasımpaşa SK | 3:1 | ||||
| 27. Round | 31/03/2013 | Fenerbahçe | - | Akhisar Belediyespor | 2:0 | |
|||
| 31. Round | 28/04/2013 | Fenerbahçe | - | Kayserispor | 2:1 | ||||
| 32. Round | 05/05/2013 | İstanbul BBSK | - | Fenerbahçe | 2:0 | ||||
| 34. Round | 18/05/2013 | Karabükspor | - | Fenerbahçe | 3:2 |
Slovakia