| 3. Round | 20/09/2006 | FC Messina | - | Reggina Calcio | 2:0 |  |
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| 5. Round | 01/10/2006 | FC Messina | - | AS Livorno | 0:1 | ||||
| 7. Round | 21/10/2006 | FC Messina | - | Empoli FC | 2:2 |  |
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| 11. Round | 12/11/2006 | FC Messina | - | Cagliari Calcio | 2:2 | ||||
| 16. Round | 17/12/2006 | Inter | - | FC Messina | 2:0 | ||||
| 18. Round | 23/12/2006 | ACF Fiorentina | - | FC Messina | 4:0 |
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