| 1. Round | 30/07/2012 | Slavia Praha | - | Vysočina Jihlava | 3:3 | ||||
| 2. Round | 05/08/2012 | Vysočina Jihlava | - | Viktoria Plzeň | 1:1 | ||||
| 3. Round | 12/08/2012 | FC Hradec Králové | - | Vysočina Jihlava | 1:1 | ||||
| 6. Round | 02/09/2012 | FK Mladá Boleslav | - | Vysočina Jihlava | 1:3 | ||||
| 7. Round | 17/09/2012 | Vysočina Jihlava | - | Baník Ostrava | 3:2 | ||||
| 8. Round | 23/09/2012 | Zbrojovka Brno | - | Vysočina Jihlava | 5:1 | ||||
| 9. Round | 28/09/2012 | Vysočina Jihlava | - | 1. FK Příbram | 2:1 | ||||
| 10. Round | 07/10/2012 | FK Teplice | - | Vysočina Jihlava | 3:1 | ||||
| 12. Round | 26/10/2012 | FK Dukla Praha | - | Vysočina Jihlava | 2:2 | ||||
| 13. Round | 02/11/2012 | Vysočina Jihlava | - | FK Baumit Jablonec | 0:1 |  |
|||
| 14. Round | 10/11/2012 | 1. FC Slovácko | - | Vysočina Jihlava | 3:0 | ||||
| 30. Round | 01/06/2013 | Vysočina Jihlava | - | Slavia Praha | 3:1 |
Bosnia-Herzegovina