| 1. Round | 05/03/1999 | Júbilo Iwata | - | Vissel Kobe | 3:1 | ||||
| 2. Round | 12/03/1999 | Sanfrecce Hiroshima | - | Júbilo Iwata | 0:1 | ||||
| 3. Round | 19/03/1999 | Júbilo Iwata | - | Verdy Kawasaki | 3:0 | ||||
| 11. Round | 04/05/1999 | Kashima Antlers | - | Júbilo Iwata | 1:2 aet | ||||
| 12. Round | 07/05/1999 | Júbilo Iwata | - | Urawa Red Diamonds | 4:3 |  |
|||
| 13. Round | 14/05/1999 | Nagoya Grampus Eight | - | Júbilo Iwata | 1:2 | ||||
| 9. Round | 18/05/1999 | Júbilo Iwata | - | Cerezo Osaka | 1:2 aet | ||||
| 14. Round | 21/05/1999 | Júbilo Iwata | - | Gamba Osaka | 1:0 |
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